Créé en 1982 à l'initiative d'Alain Formon, ce centre est affilié à l'Union française des centres de sauvegarde de la faune sauvage (UFCS). Cette dernière regroupe au total une quarantaine de centres qui ont pour vocation de soigner de façon désintéressée les animaux sauvages en détresse trouvés dans la nature (principalement les oiseaux), dans le but de les relâcher par la suite. Ces centres agissent en étroite collaboration avec les vétérinaires. Il n'est bien sûr pas possible de les visiter.

Le centre de sauvegarde du Marais aux Oiseaux peut héberger jusqu'à 30 oiseaux blessés, malades ou mazoutés, grâce à huit volières dites de réadaptation et une volière de rééducation au vol de 22 m de longueur. Depuis son ouverture, plus de 8 000 oiseaux sauvages appartenant à plus de 170 espèces y ont été accueillis, principalement des oiseaux de mer ou de rivage. Près d'un quart ont été trouvés sur Oléron même, la plupart des autres à moins de 60 km du centre.

Les causes d'accueil sont déterminées à partir de l'examen des oiseaux réceptionnés et des conditions de la découverte (complétés si nécessaire par une radiographie lorsque la présence d'un corps étranger est soupçonnée).
Elles ne sont bien entendu pas représentatives des causes de mortalité régissant les populations sauvages en raison de nombreux biais inhérents, entre autres facteurs, à l'échantillonnage (la plupart des oiseaux sont ramassés le long des routes ou sur les plages), mais témoignent néanmoins de l'impact de certaines activités humaines sachant qu'une infime partie des oiseaux touchés est retrouvée.

Quatre causes d'accueil se démarquent très nettement des autres.
– Un état d'affaiblissement général (un oiseau sur quatre). La raison en est malheureusement souvent inconnue faute d'analyses ou d'autopsies systématiques.
– Les chocs contre un obstacle (un oiseau sur quatre). Il peut s'agir d'un filin, d'un câble aérien, d'une verrière… Rapaces et goélands constituent la majeure partie des cas relevés.
– La découverte à terre de jeunes non volants (un oiseau sur six). Ce sont principalement des jeunes rapaces nocturnes en cours d'émancipation.
– La circulation routière (un oiseau sur huit). Ici comme ailleurs, les rapaces nocturnes lui payent un bien lourd tribut.

Plusieurs semaines de soins sont parfois nécessaires – notamment lorsqu'une aile est brisée – pour qu'un oiseau puisse être relâché.
Malgré les soins qui leur sont prodigués, nombreux sont les oiseaux qui meurent dans les 24 heures suivant leur accueil, ou qui doivent être euthanasiés en raison de leur état.
Quelques autres, handicapés à vie, en raison par exemple d'une fracture mal ressoudée, sont transférés dans le parc de découverte en compagnie de congénères.
Actuellement, près d'un oiseau sur deux pris en charge par le centre de sauvegarde retrouve la liberté (bilans 1982-1993 ; 1994-1997 ; bilan succinct 1982-2006).